你可以尝试使用高级定时器的重复计数器实现定时器溢出的次数，这样就不用软件计算溢出的次数了，把重复计数器的计数值到最大，定时器每溢出一次重复计数器就会减一，从而就知道脉宽。
另外一种方法就是使用定时器的级联，一个定时器作为另外一个定时器的预分配，其实也是一个定时器溢出，另外一个定时器计数，从而测量脉宽，两种方法应该都可以，具体的你可以试下。
在这就是F407有32位的定时器，TIM2和TIM5都是32位的定时器，你看看手册。