这不是栈和堆初始化的问题，而是跳到应用代码后，栈和堆指向的就不是同一个地址。
我这正好有升级代码和应用代码，可以详细的举例
bootloder：
生成的二进制文件

小端模式，所以偏移0x00位的数据为0x020010B0，对比map表

就知道这儿放的是主堆栈顶地址(0x200010b0)。
在参考跳转后的application：

.map文件

可以知道跳转后的主堆栈顶地址是(0x20013000)
跳转代码里__set_MSP(*(__IO uint32_t*)USER_APPLICATION_FIRST_ADDRESS);
重新定义了栈顶地址，就已经修改了堆栈。
M3权威指南里说过，M3的堆栈是向下生长的满栈，那么就可以很清晰的明了，bootloader和application的栈顶地址不一样，也就是说用的堆栈根本就在内存的不同区域，也就没有什么初始化一说。
因为这个问题，我还想到既然bootloader也建立的堆栈，会不会这部分无法使用造成内存泄漏呢？
还是.map文件解决了这个问题：

这是应用代码的内存占用，也就是说和bootloder重叠的部分仍然被分配了数据。所以当跳转的application时，bootloder的那部分内存就被application的数据覆盖了，也就是原有堆栈已经没有意义，作为application的普通内存使用了。