没能明白你的问题是啥。你的意思是说user程序有两份？这两份是版本不一样吗？  还有两个APP交替升级？
如果只是想实现两个APP区域的话，这个是可以实现的啊，在升级的时候先通过一个命令确定你要升级的是哪一个APP区域，这样load程序就可以设置响应SCB->VTOR了，你的目标bin文件编译的时候设置成为响应的中断像量表即可。