举个最近正在做的项目

Atmega16，12M晶振。
AD采样控制输出PWM（由于某种原因，不能使用定时器的PWM功能）

PWM的脉冲周期是20ms，脉冲宽度在1ms-2ms间根据AD值变化，变化范围1ms。
使用TC1

8分频的话，1ms=1500个时钟脉冲
10位AD采样，最大1024，用于控制1ms（1500个时钟脉冲）的输出，对于10位AD采样来说，没有精度损失。
另外，脉冲周期20ms=30000个时钟脉冲，小于TCNT1的最大长度65535，编程也方便很多。

不分频的话，1ms=12000个时钟脉冲
系统负担不说。
AD采样只有1024，用于控制12000个时钟脉冲，精度没有提高，所以没有必要。
另外，20ms=240000个时钟脉冲，大于65535，程序的复杂性增加。

64分频，1ms=187.5个时钟脉冲
AD采样的1024精度的不到发挥。
如果这时仍能满足你的使用要求，大可以采用8位的AD转换（256）。从而可采用较低成本的其它芯片了。

所以，在这个应用中，8分频是最佳选择。