嗯是的，这是由于电池和线路存在内阻，根据闭合电路欧姆定律，这是必然发生的事情。

原理，
电池和线路存在内阻，电机旋转快，电流大
导致电池和线路上分去的电压增多，分给用电设备的电压减小。

如果这种现象十分明显，说明你选择电池规格不够或者导线直径不够。（给一个参考值，如果空载电压约为12V那么如果你测得电压不足11.5V，则应该更换更好的导线或电池）

至于损害，这是一个必然发生的事情，如果说损害，恐怕谈不上。
对于单片机，因为电池到单片机直接必然会有复杂的稳压和滤波电路，输入电压的降低并不会直接影响单片机的工作。

请参阅：内阻对电源有什么影响？获取更多知识。