我以前也用过输入捕获功能，也没用遇见这种问题。然后下面把代码贴一下，各位大神走过看一眼，谢谢啦
TIM_ICInitTypeDef  TIM3_ICInitStructure;

void TIM3_Cap_Init(u16 arr,u16 psc)
{         
        GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStructure;
        TIM_TimeBaseInitTypeDef  TIM_TimeBaseStructure;
           NVIC_InitTypeDef NVIC_InitStructure;

        RCC_APB1PeriphClockCmd(RCC_APB1Periph_TIM3, ENABLE);        //ê1ÄüTIM5ê±Öó
        RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_GPIOA|RCC_APB2Periph_GPIOB, ENABLE);  //ê1ÄüGPIOAê±Öó
       
        GPIO_InitStructure.GPIO_Pin  = GPIO_Pin_6|GPIO_Pin_7;  //PA67 Çå3y֮ǰéèÖà 
        GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_IPD; //PA67êäèë  
        GPIO_Init(GPIOA, &GPIO_InitStructure);
        GPIO_ResetBits(GPIOA,GPIO_Pin_6|GPIO_Pin_7);                                                 //PA67 ÏÂà-
       
        GPIO_InitStructure.GPIO_Pin  = GPIO_Pin_0|GPIO_Pin_1;  //PB01Çå3y֮ǰéèÖà 
        GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_IPD; //PB01êäèë  
        GPIO_Init(GPIOA, &GPIO_InitStructure);
        GPIO_ResetBits(GPIOB,GPIO_Pin_0|GPIO_Pin_1);                                                 //PB01 ÏÂà-
       
        //3õê¼»ˉ¶¨ê±Æ÷3 TIM3         
        TIM_TimeBaseStructure.TIM_Period = arr; //é趨¼ÆêyÆ÷×Ô¶ˉÖØ×°Öμ
        TIM_TimeBaseStructure.TIM_Prescaler =psc;         //Ô¤·ÖÆμÆ÷   
        TIM_TimeBaseStructure.TIM_ClockDivision = TIM_CKD_DIV1; //éèÖÃê±Öó·Ö¸î:TDTS = Tck_tim
        TIM_TimeBaseStructure.TIM_CounterMode = TIM_CounterMode_Up;  //TIMÏòéϼÆêyÄ￡ê½
        TIM_TimeBaseInit(TIM3, &TIM_TimeBaseStructure); //¸ù¾YTIM_TimeBaseInitStructÖDÖ¸¶¨μÄ2Îêy3õê¼»ˉTIMxμÄê±¼ä»ùêyμ￥λ
  
        //3õê¼»ˉTIM3êäèë2¶»ñ2Îêy

         TIM3_ICInitStructure.TIM_Channel = TIM_Channel_1|TIM_Channel_2|TIM_Channel_3|TIM_Channel_4; //CC1S=01         Ñ¡Ôñêäèë¶Ë IC1ó3éäμ½TI1éÏ
          TIM3_ICInitStructure.TIM_ICPolarity = TIM_ICPolarity_Rising;        //éÏéyÑØ2¶»ñ
         TIM3_ICInitStructure.TIM_ICSelection = TIM_ICSelection_DirectTI; //ó3éäμ½TI2éÏ
          TIM3_ICInitStructure.TIM_ICPrescaler = TIM_ICPSC_DIV1;         //ÅäÖÃêäèë·ÖÆμ,2»·ÖÆμ
          TIM3_ICInitStructure.TIM_ICFilter = 0x00;//IC1F=0000 ÅäÖÃêäèëÂË2¨Æ÷ 2»ÂË2¨
          TIM_ICInit(TIM3, &TIM3_ICInitStructure);
       
        //ÖD¶Ï·Ö×é3õê¼»ˉ
        NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = TIM3_IRQn;  //TIM3ÖD¶Ï
        NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 2;  //ÏèÕ¼óÅÏ輶2¼¶
        NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 0;  //′óóÅÏ輶0¼¶
        NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE; //IRQí¨μà±»ê1Äü
        NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);  //¸ù¾YNVIC_InitStructÖDÖ¸¶¨μÄ2Îêy3õê¼»ˉíaéèNVIC¼Ä′æÆ÷
       
        TIM_ITConfig(TIM3,TIM_IT_Update|TIM_IT_CC1|TIM_IT_CC2|TIM_IT_CC3|TIM_IT_CC4,ENABLE);//ÔêDí¸üDÂÖD¶Ï ,ÔêDíCC1IE2¶»ñÖD¶Ï       
       
           TIM_Cmd(TIM3,ENABLE );         //ê1Äü¶¨ê±Æ÷3


}

u8  TIM3CH3_CAPTURE_STA=0;        //êäèë2¶»ñ×′쬠                                                  
u16 back1;

//¶¨ê±Æ÷5ÖD¶Ï·tÎñ3ìDò         
void TIM3_IRQHandler(void)
{

        if (TIM_GetITStatus(TIM3, TIM_IT_CC3) != RESET)//2¶»ñ1·￠éú2¶»ñê¼t
                {
                       
                        if(TIM3CH3_CAPTURE_STA&0X40)                //2¶»ñμ½ò»¸öϽμÑØ                
                        {                                 
                                //TIM3CH1_CAPTURE_STA|=0X80;                //±ê¼Ç3é1|2¶»ñμ½ò»′θßμçƽÂö¿í
                                back1++;
                                printf("%d ",back1);
                               
                                   TIM_OC3PolarityConfig(TIM3,TIM_ICPolarity_Rising); //CC1P=0 éèÖÃÎaéÏéyÑØ2¶»ñ
                                  TIM3CH3_CAPTURE_STA=0;                        //Çå¿Õ
                        }else                                                                  //»1Î′¿aê¼,μúò»′Î2¶»ñéÏéyÑØ
                        {
                               
                       
                                TIM3CH3_CAPTURE_STA|=0X40;                //±ê¼Ç2¶»ñμ½áËéÏéyÑØ
                                   TIM_OC3PolarityConfig(TIM3,TIM_ICPolarity_Falling);                //CC1P=1 éèÖÃÎaϽμÑØ2¶»ñ
                        }                    
                }                                                                                   
       

    TIM_ClearITPendingBit(TIM3, TIM_IT_CC3|TIM_IT_Update); //Çå3yÖD¶Ï±ê־λ

}