1.ALTERA的FPGA管脚资料哪能下载，官网上没找到。

这个问题肯定是在官网上能找到，你没找到，肯定是没找对地方！

2.芯片上1对clk输入引脚有clk1p，clk1n请问这两个引脚是怎么使用的，看资料上是通过一个选择端控制两个时钟信号中的一个输入到内部，不知道这样理解对

不？

这个问题，如果单端时钟，直接选择一个管脚输入即可。这个CLK1P,CLK1N表示一对差分时钟，这是高速时钟的表现形式。因为STRATIX是高速芯片。

3.有些clk引脚可以作为数据输入端口使用，是不是就是说该引脚与IO口相比只能做输入而不能输出其他没什么区别？而且貌似这些端口用于数据输入是都是走全局走线的是不？

所用的IO角都可作为输入输出，CLK引脚是专用的布局布线资源，延迟较小而已，所以用于专用时钟！

4.PLLOUT引脚是用作将内部PLL输出的时钟输出到该管脚吗？

YES！