有几个原因：第一，你没有在上位机分界。别指望用下位机分界，下位机只会把数据打包好，发给上位机；因此下位机的CPU Access可以考虑取消，即不用这个功能，在上位机要做好分界。这个没办法，我会用两个线程，一个就负责收，收到一个包插到链表中，然后另一个线程拼包，发现不满的包就认为是一个分界点，剩下的从下一个包开始拼。再一个，你的FIFO速度太快了吧，48MHz=48MB/s，这个速度除非你拿MAC机子上，否则我可以告诉你，WINDOWS系统最快只能达到40MB左右，而且是保证CPU空闲时。所以，第一，你没有分包，第二，速度跟不上。原理上你的方法是可行的，但是不要忘了USBH只能每次询问一个EP，所以你读EP2的时候就不能读EPIN。Windows还是有时间片的，说不定什么时候就给你卡那了。因此，你中间只要有一个包卡了，那后面的包肯定都乱了。
我又看了看你的图和你的程序，你在启动SlaveFIFO之后没有立即开始收数据，反而删了一些数据（RESETFIFO），我认为这是你的最大的问题。你要把MTx的RESET接到PA0，1，3的任意一个管脚上，等上电复位RESETFIFO之后再把这个管脚拉高，这样就能实现同步了。就是说，在TD_Init()的开始让MTx复位，在最后让MTx启动。