本人想通过上位机控制电机运动的控制，在程序设计上有一些疑问。

问题描述：上位机通过串口跟单片机通信，单片机通过电机驱动器控制电机（两个电机）
串口协议主要有3个命令：1：  电机开始运行2：  读取单片机发给两个电机的脉冲数3：  电机停止运行
电机开始运行后，要走一个大概"S"型的路线，运行时间比较长，当串口接收命令3时，如何让电机停止呢？

串口中断完成后主函数里的代码还是会继续执行的，  电机运行“S”型路线的代码放在主函数没法被中断啊，程序设计上该如何处理好呢？