看来我这个坑是越挖越深了。首先感谢大家的激_情似火的讨论。看了一遍大家的讨论，我得出的结论和【26楼】 zhangxun0712
的结论一样。
    首先要明确题目，单片机内的定时器与时钟芯片相比较哪个更准。基于此题目，对于晶振的误差当然就不考虑在内了，毕竟两种方案都要用晶振，晶振误差是不可避免的，而中断响应时间嘛，却要考虑在内，毕竟中断是定时器与单片机沟通的桥梁嘛。
    至于【23楼】 takashiki 岚月影，说到的那种不用中断的定时方式，确实挺好，可是我毕竟还是要把定时用在很多场合的，就我现在而言，只是想用这个时间来做一个定时开关的（可任意设定开通和关断时间的那种，类似于闹钟吧，而且是能设定多个时间的那种）。不能只用于方波的产生啊。
    我的理解是，单片机内的定时器与时钟芯片相具有同等的精确性（有人还想咬晶振的话，请参照上面的第二段）（非自动重载方式，在定时溢出之前and自动重载方式却可以无限定时）。至于这个定时之后的事情嘛，那是cpu要做的事情了，与定时器和时钟芯片无关。
    所以请大家不要再在中断响应时间上大吐口水了。对于软件延时，小生确实不敢重用，毕竟一个系统中要是不用中断的话，确实做不出什么大文章。当然啦，有人还非要较真，定时1uS（12M晶振）之类的，那个确实该用软件延时啦。
    既然是定时，那就必然会在定时时间到后做一些事情啦。cpu或主动或被动获取这个时间。
    时钟芯片，我觉得是cpu主动获取的吧，不过这里还有个疑问，cpu该怎么获取呢，难道cpu要把时钟芯片的时间取过来，实时的与定时时间相比较呢？或者是时钟芯片有定时报警之类的东西，这样的话（就是cpu被动了），是不是要通过中断告诉cpu，定时时间到，要是这样的话，不就是也有中断响应时间的问题吗？（希望得到大家的解惑）
    单片机内的定时器嘛，好像就只有定时中断一种吧。既然定时准确，自动重载方式中，又无误差累计，还有什么要计较的吗？既然都用定时器啦，那肯定是mS级别以上的吧，差那么1~4个周期的中断响应时间又不伤大雅，否则，您还是用软件延时吧。
    我的初衷和【32楼】 bitter rain 类似。
    要是用时钟芯片，会不会降低系统的稳定性呢？毕竟多了一部分电路，且在单片机外部，在工控场合会不会容易受到干扰而计时不准呢？
    而且多一个芯片，就会多一部分成本啊。当然啦，人工费，软件费，还有其他一些想得到的想不到的费用都不计。单就是器件费用而言的。