楼主描述：

单片机通过继电器控制电机。
PIC和AVR都试过，复位严重。
电机两端没加RC消弧电路的，复位最严重。
加消弧电路，复位口加104电容后，会有很大改善，但还是有复位现象。

忘了说，图上的波形是单片机电源和复位脚的，两都波形区别不大，......。

继电器输出端接RC消弧电路后，会消掉至少9/10的杂波，但偶然还会有杂波宽度在5us左右，GND到+15V之间，会引 ...
电机启动或停止时会有多个杂波，会拉低到GND以下或+15V以上，但宽度会小于5us。 ... ...
在电源输出端并联个大电容，会有改善，不能完全解决。
试过继电器用12V开关电源，单片机用另一个5V开关电源，两者共地，还是解决不了这个问题。

大家支招：

加π式滤波器，......
用控制板继电器再控制外部大功率继电器，.....
单片机电源与复位，加LC电路，LC挨得单片机越近越好，......
所有对外的线均加大磁环
隔离的隔离，阻容低通虑波器。
要完全隔离，控制信号光耦隔离，......
隔离！其余全是浮云。

在反复看帖并分析楼主提供的波形和描述之后，我初步认为，就算使尽完全隔离、加强滤波之能事，也不能解决问题。
为什么呢？因为楼主问题的症结在于电源。不仅在于单片机所用的开关电源，还可能与工作现场的交流供电电源有关。
5V的直流供电电源竟能被瞬间拉低到地电平以下，等于单片机系统被断电后再上电一次，这不正是上电复位操作吗？
所以，复位是必须的，正当的！
余下的思考留给楼主了，这样才有提高的机会。