1.    每个总线的时钟，你不是已经在cube的时钟树里可以查看了么？    84M是自己配出来的，你的时钟树里面用的时钟是内部高速时钟HSI
    在你那图片里面，HSI向右走，进入一个叫System clock MUX(这儿选择系统时钟来源)，你选的是HSI，再往后面是预分频系数，所以最大就顶多是16M。如果你要配置更大时钟，System clock MUX处就不能选HSI，选择PLLCLK，然后从那一条时钟更改大小。（具体更改，自己调调就会了）
    cube看时钟树还是很清晰的，比库函数好多了。

2.
  htim3.Instance = TIM3;
  htim3.Init.Prescaler = 4799;  //预分频系数
  htim3.Init.CounterMode = TIM_COUNTERMODE_UP;//计数模式，向上装寄存器值
  htim3.Init.Period = 9999;//自动装的寄存器值
  htim3.Init.ClockDivision = TIM_CLOCKDIVISION_DIV1;//1倍频
  HAL_TIM_Base_Init(&htim3);

  从你给的cubemx时钟树可以看出TIM挂载的时钟频率16MHz，然后TIM_CLOCKDIVISION_DIV1，也就是1倍频，所以还是16M
  htim3.Init.Prescaler = 4799;//这个叫预分频系数，就是把这16M分成（Prescaler +1）份，即33 3333.33333Hz
   htim3.Init.Period = 9999;这个东西是你向上装载TIM寄存器的终值，你选的是向上装载，表示从0一直装到9999，然后触发中断。
  每装载1个数，所耗时间就是由上面预分频系数得来的33 3333.3333Hz，差不多就是一次1/33  3333.3333=0.0003s
  然后定时期间，装载了10000个值，所以就该是0.0003*10000=3S。
  你定时的时间是3S

  你说的公式Tout（溢出时间）=（ARR+1)(PSC+1)/Tclk
  在向上计数时，一般写成：Tout（溢出时间）=（Prescaler +1)(Period +1)/Tclk。(注意计数是向上还是向下计数)






3.
TIM_CLOCKSOURCE_INTERNAL 这是TIM内部时钟
TIM3时钟挂载在APB1线上，但是问题二中，我已经提到了有个倍频系数TIM_CLOCKDIVISION_DIV1，你看你给的时钟图，也可以看到APB1在给到TIM时钟之前有个可以框框里面写起X1，这就是倍频系数，你改成x2，那就是32M了。这个倍频后的时钟的名字就TIM_CLOCKSOURCE_INTERNAL