1.bootloader在出厂时被固话在芯片内部了。具体位置可以访问到，但是只读。里面包含了诸如串口、can总线、USB等的通信驱动及对用户flash进行擦除和写的代码。用户基本不需要关心这个。
2.keil等下载工具需要根据芯片类型（比如RAMFLASH等的大小），来选择适当的下载算法，然后与bootloader取得联系并把bin文件烧录到用户flash中。
3.下载程序跟.s无关系，启动文件.s是系统启动的启动代码，没有烧录的信息。
启动代码和bootloader是两码事，具体可以参考：
《The Definitive Guide to Arm Cortex-M3 and Cortex-M4 Processors》P52页等。