最好的方法取决于这些微控制器必须在它们之间进行通信的确切数据，信号必须传输的距离，发生通信的位置，你愿意用来连接所有内容的引脚/电线数量up，系统在编程时间和硬件成本方面的成本。例如，CAN总线允许在嘈杂/工业/汽车环境中进行通信，但很难实现，并且不能像usb 3.0那样快速地传输数据。
如果我是你，并且对协议实现没有任何严格的要求，我会考虑我提到的要点，并且只要涉及社区支持和硬件，最终会得到最简单的选择。搜索你正在考虑的板上随时可用的协议的易于理解和全面的教程。每个协议都有它的优点和缺点所以它并不像你最好学习如何特别实现它。
关于选择一个微控制器，你似乎正在寻找一个易于组装的电路板。有很多选择可供选择，很多时候，正确的电路板选择归结为其他功能，而不仅仅是内置通信协议硬件。你提到的蓝 {MOD}药丸板似乎是规格方面的Arduino Due“等效”，检查哪种板最适合你的需求。