一般来说呢,不建议在中断函数里完成很复杂或耗时很久的操作,除非你主程序什么都不做,倒还可以考虑.
推荐的做法是,在中断函数里设置一些全局变量,主函数中去判断这个变量,然后处理.
为什么要这样做呢? 楼主自己也有思考过,如果前一个中断函数还没结束,又来一个中断请求,会发生什么问题? 回答这个问题就涉及到中断优先级和中断是否可嵌套了。中断嵌套是指，在一个中断处理过程中，又来一个中断请求，那么满足“条件”的新中断请求函数会打断前一个中断处理函数的执行，转而执行新中断函数，等这个函数退出时再继续前一个中断处理函数的执行。那么这个“条件”是什么呢？一般是指中断优先级，也就是级别高的中断请求可以打断级别低的中断函数的执行；反之，则算不满足条件，新中断请求只能等前一个中断处理完才被允许执行处理函数。楼主这个问题中是后一个定时器中断会不会打断前一个定时器的中断处理函数，在51单片机和其它大部分单片机中是不会的，因为后一个中断请求的优先级并不比前一个中断的优先级高。
这时后一个定时器中断请求如何处置呢？那就要看你在前一个中断结束后，后一个中断请求的标志位是否还有效喽，有效则再次进入定时器中断，无效则忽略后一个定时器中断请求，就像没发生过后一个定时器中断请求一样？
什么情况下会出现“无效”这种情况呢？当你的程序在中断函数返回之前刻意使用指令去清零定时器中断标志位，就会出现“无效”。

上图简单的演示了两种清况，左侧图在定时器中断函数退出前把中断请求标志位清0了，所以单片机在处理完前一个中断后没发现有新的中断请求，就返回到主函数中执行。右侧图是在定时器中断结束后，新的中断请求标志位还在，那么单片机就不会马上返回主函数，而是又一次进入定时器中断处理函数。

你的另一个问题是，在单片机运行定时器中断处理函数期间，定时器还在不在运行。答案很简单，定时器其实就是一个“上了发条”的计数器，你有给它“发条”它就跑，不给“发条”它就不跑，这里的“发条”就是时钟。如果你在中断函数中没有关闭它的时钟，它是在运行的。至于是怎么运行的，取决于你的配置了。

另外，很欣赏你的这种反思。现在很少有人会有这种对自己的思考，很多人真的以为自己使用过某某单片机，就自认为自己会了，其实他紧紧是使用过而已