是的，确实不一样！
STC89C52RC单片机:
           8K字节程序存储空间；
           512字节数据存储空间；
           内带2K字节EEPROM存储空间;

AT89S52单片机:
           8K字节程序存储空间；
           256字节数据存储空间；
           没有内带EEPROM存储空间;
另外 sTC系列的直接用串口下载就可以  AT系列的 貌似要多装一个驱动

STC和S52均支持ISP下载，区别在于STC可以通过串口下载，S52的ISP一般需要专用下载器。
STC有内部EEPROM，AT没有。
STC解密相对S52来说要难一点。
批量的话STC价格比S52低。
STC的Datasheet含糊其辞，就像一本广告，很多关键参数都找不到；Atmel的Datasheet编写详尽且规范。
一般认为S52比STC抗干扰差。
初学者如果有串口的话，STC在一定程度上可以降低开发的成本；
如果只有USB的话，用USBASP下载S52更方便一点。