我觉得是这样的，首先你得了解RTC芯片的工作原理，一般的RTC芯片都是32768的晶振分频得到秒脉冲信号的，他输出的秒脉冲也是靠这个晶振分频得到的，他的寄存器和这个分频器是没有关系的，你修改时钟寄存器的时候，并不能修改晶振的初始相位（姑且这么说吧，具体叫什么我也不知道）。而RTC芯片的秒脉冲什么时候出来是跟晶振什么时候起振相关的。以上是我个人理解，但是可以确定的是RTC芯片的秒脉冲是用来测试RTC的稳定度的，而不是用来对时的。也就是说这个秒脉冲的周期是有意义的，而上升沿是没有意义的，和GPS的上升沿对不上也是正常的。如果想对的上的话我觉得得自己用软时钟做了，比如用个毫秒中断计毫秒值，用GPS的脉冲去修正这个毫秒值，对外输出的脉冲靠单片机自己产生。
不知道你的具体应用，如果只是想测试有没有正确对时，那么应该是你的试验方法不对，如果是吃产品上的需求，我觉得我的方法应该是比较简单可行的了。