没用过MSP430G2553，但应该比F149和F1611强劲得多吧。500HZ，频率确实不高，如果担心采样过程出现的数据抖动等类似问题，提高数据采样频率，然后如果硬件支持硬件过采样就用硬件过采样(其实就是硬件自己做平均运算)，不行就软件自己做平均运算。

你的采样频率不问题，想问一下控制ADC每次采样的条件是谁控制，是软件控制还是定时器控制？有没有一下可能：
1.ADC时钟不精确。
2.定时器时钟不精确且采用了轮询方式。
3.定时器采用中断方式，但定时器时钟不精确。
4.用户代码比较耗时，影响了采样
5.采样处理代码消耗时间很长，影响了下一次的处理。
6.开关中断之间的时间很长。