这事真心和matlab没关系。最好的办法显然是在linux里干这件事。但要是非得通过matlab，也不是不行。可以这样：

1.先把需要复制的文件名列到一个文件里。
2.在matlab里写程序，打开这个文件，做一个循环，每次读里面的一行，也就是一个文件名，复制给文件名变量。
然后在matlab里操作这个文件名变量，下面有两种方法。
普通方法：
直接在matlab里调用系统程序用system(copy filename ......)
按照要求修改路径就好了，linux的话就是cp
文艺方法：
把每个文件名对应的数据都读进来，转到需要复制到的目标路径下再写入文件。