从2018年7月16号早上开始到2018年7月18号傍晚19点左右，也就是在周一到周三差不多三天的时间里，学习了实验室要求的基础知识，趁着今天晚上有空小总结一下。

植入模体发现(Planted (l, d) motif search, PMS)

• 输入：给定一个字母表∑上的t条长为n的序列集合D = {s1, s2, …, st}，以及满足0 ≤ d < l < n的非负整数l和d。
• 目标：找到一个l-mer (长为l的字符串) m，使得每条序列si中都含有一个与m存在至多d个位置差异的 。
• l-mer m称为一个(l, d)模体，序列中的l-mer 称为m的模体实例。

       

PMS问题的扩展：q-PMS问题

• 输入：给定一个字母表∑上的t条长为n的序列集合D = {s1, s2, …, st}，以及满足0 ≤ d < l < n的非负整数l和d。
• 目标：找到一个l-mer (长为l的字符串) m，使得至少q (q ≤ t)条序列中都含有一个与m存在至多d个位置差异的l-mer 。

PMSP算法

• 首先为了更好的说明此算法，笔者模仿导师给出的论文的方法定义了相关概念。

1. 给出一个字符串s，这个字符串由字符集{A，C，G，T}随机组成。|s|表示字符串s的长度。
2. 给定一个长度为n的字符串s和一个长度为l的字符串x，ll-mer，记为。
3. 候选模体表示与字符串x长度相同的且跟x的海明距离不超过d的所有模体实例
4. 最后一个定义如下：

• 算法描述：

1. 输入：t ,n, l, d (分别代表序列数，每条序列长度，模体长度，允许最大的模体突变个数) 
2. 输出： 模体Q
3. 首先把第一条序列拿出来，取出长为l的所有子串，拿出每一个子串分别对剩下的每一行序列做循环。取出每一行的C（x，s）。对所有的候选模体做循环，如果存在一个候选模体y与每行的C（x，s）中的某一个元素海明距离小于d，则添加到模体Q并输出。

模体发现的难度评测

• 2d邻居概率（公式没看懂）
• E(l, d)值（公式没看懂）

模体表示

• 一致序列
• 位置权值矩阵

模体度量

• 一致序列得分
• 相对熵（没看懂）

大概就这些了，三天来化繁为简，整理出来其实只有一点点的东西，还需继续加油！