minGW给那些习惯于在Linux上开发的人员，在windows上提供了一套类似的工具集。
cygwin主要是对于再Linux的程序，无需改动代码即可移植到windows上。
gnuwin32主要是对习惯linux工具的人员，在windows上提供一套类似的命令。
Unix下编译通过的C代码,在win32下编译是不能通过的 ,当然Unix 和win32的API都是符合标准C,也就是说,大多数函数调用在unix和win32下是相同的.但是,unix有自己一些独特的API（如fork,spawn,signals,select,sockets等）,如果代码中使用了这些API,在win32下当然找不到对应的库。
但是,这些API的功能在win32中也能实现,也许你已经发现了一个能让window编译Unix风格代码的方法:
1.修改编译器,让window下的编译器把诸如fork的调用翻译成等价的形式--这就是mingw的做法.
2.修改库,让window提供一个类似unix提供的库,他们对程序的接口如同unix一样,而这些库,当然是由win32的API实现的--这就是cygwin的做法.
首先MingW和cygwin都不能让Linux下的程序直接运行在Windows上，必需通过源代码重新编译。  
现代操作系统包括Windows和Linux的基本设计概念像进程线程地址空间虚拟内存这些都是大同小异的，之所以二者上的程序不能兼容，主要是它们对这些功能具体实现上的差异，首先是可执行文件的格式，Window使用PE的格式，并且要求以.EXE为后缀名。Linux则使用Elf。其次操作系统的API也不一样，如Windows用CreateProcess()创建进程，而Linux使用fork()。所以要移植程序必然要在这些地方进行改变，MingW有专门的W32api头文件，来把代码中Linux方式的系统调用替换为对应的Windows方式。而Cygwin则通过cygwin1.dll这个文件来实现这种API的转换，并模拟一个Linux系统调用接口给程序，程序依然以Linux的方式调用系统API，只不过这个API在cygwin1.dll上，cygwin1.dll再调用Windows对应的实现，来把结果返回给程序。可以用查看他们编译好的程序的导入表来验证这点。
二者生成的程序都是能在Windows上运行的EXE文件，显然都是PE格式，用一个PE格式查看工具检查一下就能发现，Cygwin生成的程序依然有fork()这样的Linux系统调用，但目标库是cygwin1。而MingW生成的程序，则全部使用从KERNEL32导出的标准Windows系统API。这样看来用Mingw编译的程序性能会高一点，而且也不用带着那个接近两兆的cygwin1.dll文件。但Cygwin对Linux的模拟比较完整，甚至有一个Cygwin X的项目，可以直接用Cygwin跑X。另外Cygwin可以设置-mno-cygwin的flag，来使用Mingw编译。而与Cygwin更有可比性的MSys上的工具也是通过Cygwin这种模拟的方式来提供的。总之这两个项目有千丝万缕的关系，一个不恰当的比方，如果Mingw是MFC，Cygwin就是.NET了。
用MingW和cygwin编译出来的程序的区别。  
首先MingW和cygwin都不能让Linux下的程序直接运行在Windows上，必需通过源代码重新编译。  
现代操作系统包括Windows和Linux的基本设计概念像进程线程地址空间虚拟内存这些都是大同小异的，之所以二者上的程序不能兼容，主要是它们对这些功能具体实现上的差异，首先是可执行文件的格式，Window使用PE的格式，并且要求以.EXE为后缀名。Linux则使用Elf。其次操作系统的API也不一样，如Windows用CreateProcess()创建进程，而Linux使用fork()。  
所以要移植程序必然要在这些地方进行改变，MingW有专门的W32api头文件，来把代码中Linux方式的系统调用替换为对应的Windows方式。而Cygwin则通过cygwin1.dll这个文件来实现这种API的转换，并模拟一个Linux系统调用接口给程序，程序依然以Linux的方式调用系统API，只不过这个API在cygwin1.dll上，cygwin1.dll再调用Windows对应的实现，来把结果返回给程序。  
可以用查看他们编译好的程序的导入表来验证这点。