我一开始也是这样的问题，但我先用FLYMCU下载过一次以后，后面就全部正常了，这种现象再没有出现过。
你也可以用我的方法试一下。原因目前未明。

回复【5楼】正点原子:
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我们实验室的几个从103升级到407的人也会经常遇到使用J-link下程序找不到芯片的问题，或者是能够下载的速度只有几十k，一直没能很好的解决这个问题，原子哥有没有这方面的经验

我也遇到过相似的问题。可能是CPU进入HardFault中断了，无法响应JLink的请求。我用的是ST-Link/V2，Keil-MDK平台，找到的解决方案是，在点击“下载”后，2秒内复位CPU，就可以正常下载程序了。点下载和复位CPU的间隔越快越好。希望对你的情况有效。回头记得告诉我一声。