这不是栈和堆初始化的问题，而是跳到应用代码后，栈和堆指向的就不是同一个地址。
我这正好有升级代码和应用代码，可以详细的举例
bootloder：
生成的二进制文件

小端模式，所以偏移0x00位的数据为0x020010B0，对比map表

就知道这儿放的是主堆栈顶地址(0x200010b0)。
在参考跳转后的application：

.map文件

可以知道跳转后的主堆栈顶地址是(0x20013000)
跳转代码里__set_MSP(*(__IO uint32_t*)USER_APPLICATION_FIRST_ADDRESS);
重新定义了栈顶地址，就已经修改了堆栈。
M3权威指南里说过，M3的堆栈是向下生长的满栈，那么就可以很清晰的明了，bootloader和application的栈顶地址不一样，也就是说用的堆栈根本就在内存的不同区域，也就没有什么初始化一说。
因为这个问题，我还想到既然bootloader也建立的堆栈，会不会这部分无法使用造成内存泄漏呢？
还是.map文件解决了这个问题：

这是应用代码的内存占用，也就是说和bootloder重叠的部分仍然被分配了数据。所以当跳转的application时，bootloder的那部分内存就被application的数据覆盖了，也就是原有堆栈已经没有意义，作为application的普通内存使用了。

http://www.cnblogs.com/zc110747/p/4668245.html
我之前实现的web升级，你可以看一下

回复【2楼】zc123:
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之前看过你的实现，很受用！现在我的主要问题不是如何实现这个功能，而是对这个实现背后的原理有些不理解。

回复【6楼】zc123:
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厉害！！分析得很深入，原来的堆栈确实不会有影响。在调用ResetHandler到进入main函数会执行一系列的操作，有位大神写了这个：http://www.openedv.com/posts/list/20164.htm。我在实现过程中遇到了比较特殊的问题，在Bootloader中使用了ucos，ucos会使用PSP作为堆栈指针，所以在任务里跳转后还是使用PSP，如果在跳转前只设置了__set_MSP(*(__IO uint32_t*)USER_APPLICATION_FIRST_ADDRESS);这样就会有问题。网上有人遇到跟我一样的问题，里面也有答案：http://bbs.ic37.com/bbsview-29889.htm。