内嵌flash的spartan3AN倒是不错的选择，但xilinx在这个型号上为用户考虑得很少，xc3s50AN容量太小，换个大容量的，却都是BGA封装。
    AES加密不是很了解，我开始以为每个器件有一个独一无二的ID，只要针对ID生成一个独一无二的程序，即使把flash的程序解密
也无用，但目前我还没发现这种方式，同时这种方式在大批量生产也会有问题，但如果量小，这种方式却最简单和高效。
   altera推荐了一个外加dallas的芯片进行程序保护，或者外加一个CPLD进行保护，也有点复杂。
   欢迎推荐更好的方案

如果已经不考虑BGA的Spartan，估计LZ不会考虑AES的Virtex了。还是写在这里让大家参考一下。

AES是用加密算法将bit文件加密，然后另外产生一个private key。这个Private key可以通过efuse方法编写到FPGA里，也可以通过电池供电让FPGA保持记录这个Key。加密的bit文件+key才可以正常配置FPGA。
因为Private key不可能被读回或者被别人取得，所以这样就能保护你的文件。

楼上的方法虽然已经很难被破解，但是由于Spartan3AN的Dual Die结构，要破解还是可以的，只是成本变高了。我们通常人为破解成本>自己做一个新的design的成本，那么加密就算是可以用的了。

:'(朋友，你是否用过反熔丝的！

呃，对于这个问题，我其实看过剖开芯片拍摄的照片。
相信我，反熔丝写过和没写过，一眼就能看出来。
而且，因为制造工艺的原因，你很容易把反熔丝的区域和一般的晶体管区别开。。。。

也可以用FLASH在FPGA内的芯片,比如LATTICE 的XP,XP2系列芯片.