你这个问题，有几个可能原因吧：
1，你加载的时候，可能是加载到SRAM去了。你掉电试试？ 看掉了电后，第一个程序还能跑不？
2，你自己加载第一个程序时，把芯片的加载方式disable了。原来是空白片，你用的加载方式或者默认的软件设置，把你用的加载方式给禁止了。所以你后面就无法加载了。得换你在第一个程序编译时软件中设置了哪些端口可加载，如果都被你关掉了，那就换芯片吧。

恩 断电就好了  fpga下载程序时 芯片是处于所有io多作为输入的复位状态。我记得cpld也是一样的，可我这次遇到的是一边下载一边还在跑逻辑。好奇怪

上次烧写的目标文件会被工程项目保存下来，
再次烧写的时候，可能要重新选定目标文件。
估计你没有选，把以前的旧文件又烧了一遍。