楼主，是在什么时候测试该IO口电平的呢，是否在配置期间，另外当这两个脚为高电平时，其他IO电平情况如何

在正常运行期间， 其它IO都正常的。  所有功能都起来了, ddr,lvds,网络都正常。 显示器也都点亮了。  
说细一点，就是这些IO口，我是用来连接tfp410驱动显示器的。  共2颗tfp410驱动2个显示器,   其中一颗完全没问题，另一颗连了上述2个IO口的tfp410芯片所驱动的显示器颜 {MOD}发红， 后面查到这2个IO口无法驱动，总是高电平。   
再后面就单独建一个工程什么都不做，光去驱动这2个IO, 发现驱动不了，无法拉到低电平。

chipscope确实能看到正确的驱动信号， 但是用示波器测量确一直是高电平。   因为总共有5片板，都是这个问题。  肯定是没有短路的， 走的top层， 一眼就看到 了从哪到哪， 不上电时和各个电压之间电阻值都无穷大

本帖最后由 snk12 于 2013-1-22 21:30 编辑

上图， 就是这么简单的连接关系，
作了个简单的工程，就是
module Test(input wire iCLK/*50Mhz*/,
                    output reg[11:0]  oIO);
always @(posedge iCLK) begin
    oIO<=~oIO;
end

endmodule

用示波器测量，前面10个IO口都正常翻转, cmpclk,cmpmosi 这2个口总是高电平。
但在chipscope中确能看到所有信号正常翻转。  是不是ise中的bug,  我试了ise  13.4, 14.4都这样

如果CHIPSCOPE都能看见，那只能说明要么是IO坏了，要么是你虚焊了。