< 信号通过变压器后失真，可能的原因有：
1、变压器铁芯进入磁饱和。
2、变压器绕组的分布电容对信号分流。
3、变压器初级次级绕组之间存在漏感。
4、绕组电感和漏感与分布电容的谐振。
没有具体参数(信号频率、变压器铁芯绕组参数、绕组电感和漏感、分布电容、负载特性……)，没办法分析。

加载后输出电压降低，是因为你的信号源或者变压器内阻过大。

变压器对方波的传输特性就是不很好，有关的因数太多了。主要就是磁芯和绕线，想改善这种传输特性一个是经过比较严格缜密的计算，然后选取一致性较好的磁芯和比较严格的生产工艺，最后做出一致性比较好的产品。再一个就是自己试了，然后指定生产厂家，可以一定程度上保持批量产品的一致性。不管怎么说，变压器传输方波的效果不是很好。不过做超声波对波形要求也不是很高吧，当然这个可能会涉及到转换效率的问题。
第二个问题楼上说了，信号发生器的输出功率不够，一般的信号发生器的输出功率都比较小的，带重载情况下肯定会拉低。实际的电路中能保证输出功率的话就不会这样了

如果耦合的是方波，信号变形无所谓，次级电压降低很多则说明激励不足或者变压器容限不够。