还需要精确的执行机构啊

那不太清楚；

以前听别人说过，比如用霍尔传感器只能做到60度精度，通过算法可以提高到10度左右；
不过那是BLDC；

你用其它电机加编码器应该差不多吧，ST算法支不支持不太清楚了

手上的编码器4000一圈，软件确定一个目标值后控制电机转到某个位置使编码器的读数正好为这个目标值。用stm32做得到吗？

STM32 的电机库，有这个功能。
不过精确定位没有那么简单。单凭电机库未必能做到这一点。会有很大的优化和调整工作要做，还需要你详细的参数和试验设备的支持。