没遇见过，把段式液晶拿掉，但是程序中保留功能（把读的屏蔽掉，只保留写LCD操作），会是什么现象呢？

RTC唤醒STOP模式后有恢复系统时钟吗？

不知道您的程序如何设置的。看看有没有这种可能：如果主程序主要是显示控制、键盘处理等程序，在一些情况下，采用中断处理的函数运行时长超过预先的设计时间就会出现这种问题。当然楼上网友的解答也会造成这种现象。想想看？

把程序尽量简化，然后检查代码是不是哪里修改了RTC时钟的分频系数之类的。