/**
* @Brief This function handles EXTI line 0 and 1 interrupts.
*/
void EXTI0_1_IRQHandler(void)
{
  /* USER CODE BEGIN EXTI0_1_IRQn 0 */

  /* USER CODE END EXTI0_1_IRQn 0 */
  HAL_GPIO_EXTI_IRQHandler(GPIO_PIN_0);
  HAL_GPIO_EXTI_IRQHandler(GPIO_PIN_1);
  /* USER CODE BEGIN EXTI0_1_IRQn 1 */

  /* USER CODE END EXTI0_1_IRQn 1 */
}

/**
  * @brief  Handle EXTI interrupt request.
  * @param  GPIO_Pin Specifies the port pin connected to corresponding EXTI line.
  * @retval None
  */
void HAL_GPIO_EXTI_IRQHandler(uint16_t GPIO_Pin)
{
  /* EXTI line interrupt detected */
  if(__HAL_GPIO_EXTI_GET_IT(GPIO_Pin) != RESET)
  {
   
    HAL_GPIO_EXTI_Callback(GPIO_Pin);
                __HAL_GPIO_EXTI_CLEAR_IT(GPIO_Pin);
  }
}



void HAL_GPIO_EXTI_Callback(uint16_t GPIO_Pin)
{
        if(GPIO_Pin==GPIO_PIN_0)
                {
                App.KEY_VALUE=Button_Function;
                }
        if(GPIO_Pin==GPIO_PIN_1)
                {
                App.KEY_VALUE=Button_Power;
                }
//                delay_ms(20);
//                Button_Process();
//                xSemaphoreGiveFromISR(Semaphore_Button,NULL);

}

看上面3个函数  同一条中断线进来后判断是哪一个引脚发生中断时是第二个函数完成的，如果该引脚发生的中断就调用第3个函数进行处理

PA3和PC3只能有一个占用中断线。

你的判断方法应该还是不能说明先设置的中断被覆盖了，你需要判断的是PA3和PC3的按键是否都进入了中断程序，如果进入了中断程序，而没有判断到按键，那就是程序的问题了。

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