将48v直接转换成了5v，流过稳压管的电流可以测量一下，应该偏大，，，，处理办法最好在输出端用三极管打一个电平转换电路

或者加电阻做限流

用个MOS管做成限幅度就可以了，具体就是用NMOS  耐压可以高点，s极接输入，G接5V（其它电路的5V等均可），D接你的处理电路即可，电压低于4.5V（电流小0.5V可以全导通）全导通，当输入高于5V，因为射随器原理，其D输出低于G极电压，达到限幅的目的，同时简易在反馈到48V接一只二极管泄放掉感性能量

R3确实是降低一下阻值接5V更好，比如4.7k
原图看不清楚（R3=30k？），稳压管功率不超过10mW，应该不会损坏。
所以我想真正损坏的原因可能是电机状态端口对稳压管的灌电流，这样的话，可以在J2-2与C4之间加一个限流电阻，因为不知电机的具体电路，阻值需要测试。不过据我了解，电机的这种端口一般OC输出比较多。
也可以试试在D3上并一个电阻。

这样不妥，你这样想干啥呢？  不隔离也就算了，最起码加入三极管电路吧？